بیست اسید آمینه وجود دارد که ساختار پروتئین ها و بیشتر پپتیدها را تشکیل می دهند.
برای نامگذاری هر دو کد سه حرفی (می تواند بزرگ یا کوچک باشد) و کد های یک حرفی (مورد بزرگ) را به آنها اختصاص داده اند. این امر باعث می شود که اهداف علامت گذاری سریعتر و یادگیری اسامی آسان تر شود.
- alanine – ala – A
- arginine – arg – R
- asparagine – asn – N
- aspartic acid – asp – D
- cysteine – cys – C
- glutamine – gln – Q
- glutamic acid – glu – E
- glycine – gly – G
- histidine – his – H
- isoleucine – ile – I
- leucine – leu – L
- lysine – lys – K
- methionine – met – M
- phenylalanine – phe – F
- proline – pro – P
- serine – ser – S
- threonine – thr – T
- tryptophan – trp – W
- tyrosine – tyr – Y
- valine – val – V
بعضی اوقات ممکن است که دو اسید آمینه ازلحاظ نامگذاری متفاوت باشند ، بنابراین موارد ویژه ای داریم مانند:
- asparagine/aspartic acid – asx – B
- glutamine/glutamic acid – glx – Z
اسیدهای آمینه را می توان در یک واکنش تراکمی با پیوندهای کووالانسی به هم متصل کرد تا یک دی پپتید و آب تشکیل شود.
به پیوند کووالانسی بین اسیدهای آمینه ، پیوند پپتیدی گفته می شود و به همین دلیل در زنجیره های طولانی اسیدهای آمینه باندهای کووالانسی به نام های پلی پپتید شناخته می شوند.
زنجیره های پلی پپتیدی از طریق واکنش های هیدرولیز قابل تجزیه هستند ، که برای معکوس کردن روند نیاز به آب دارد.