قطبیت اسیدهای آمینه :

اسیدهای آمینه بسته به ترکیب زنجیره جانبی آنها ممکن است قطبی یا غیر قطبی باشند

اسیدهای آمینه قطبی دارای گروه های R آبگریز هستند ، در حالی که اسیدهای آمینه غیر قطبی دارای گروه های R آبگریزی هستند.

ترکیب و موقعیت اسیدهای آمینه قطبی و غیر قطبی با توجه به نوع پروتئین و عملکرد آن تعیین می شود:

پروتئین های محلول در آب:

اسیدهای آمینه غیر قطبی تمایل دارند که در مرکز مولکول یافت شوند (ساختار را تثبیت می کنند)

اسیدهای آمینه قطبی تمایل به قرار گرفتن در سطح پروتئین دارند (قادر به تعامل با مولکول های آب هستند)

پروتئین های محلول در آب:

اسیدهای آمینه غیر قطبی تمایل دارند که در مرکز مولکول یافت شوند (ساختار را تثبیت می کنند)

اسیدهای آمینه قطبی تمایل به قرار گرفتن در سطح پروتئین دارند (قادر به تعامل با مولکول های آب هستند)

پروتئین های متصل به غشاء:

اسیدهای آمینه غیر قطبی تمایل دارند که در تماس با غشاء در نواحی سطح قرار بگیرند

اسیدهای آمینه قطبی عموماً منافذ داخلی را ایجاد می کنند (برای ایجاد کانال های آبگریز)

آنزیم ها:

فعالیت آنزیم ها به طور خاص به محل و توزیع اسیدهای آمینه قطبی و غیر قطبی بستگی دارد زیرا تعاملات آبگریزی و آب دوستی می توانند در نوع اتصال بستر به سایت فعال نقش داشته باشند.